內磁水處理器磁體產生的超高強磁場，在不改變水原有的化學成份條件下，使水中礦物質的物理結構發生變化。原來締合鏈狀的大分子，斷裂成單個小分子，水分子偶極距發生偏轉。

水中溶解鹽類的正負離子（垢分子）被單個水分子包圍，使水中的鈣、鎂等結垢物的針狀結晶改變為粒狀結晶體，相互粘附與聚積特性受到了破壞，從而在受熱面或管理壁上不結硬垢，粒狀結晶體則隨排污孔排出，同時由于水分子偶極距增大，使其與鹽類正負離子吸引力增大，使受熱爐壁、管壁上原有的舊垢逐淅開裂、疏松、自行脫落 ,達到了處理效果。